2000年，学校合并升为本科，成立黑龙江工程学院。 原哈尔滨工程高等专科学校信息工程系与原黑龙江交通高等专科学校经济管理系计算机应用教研室合并，成立计算机科学与技术系。2011年在原计算机科学与技术系的基础上成立计算机科学与技术学院。承担全校计算机基础课及计算机专业的教学育人任务。

1、专业设置

学校之初，仅有计算机科学与技术专业。2001年，经省教育厅批准，设置信息管理与信息系统本科专业，于2002年开始招生。2002年经省教育厅批准，设置软件工程本科专业，于2006年开始招生。2013年经省教育厅批准，设置物联网工程专业，于2013年开始招生。2015年与中兴通信校企合作建设了ICT产教融合创新基地，达成协同育人协议，2015年首期在物联网工程、软件工程专业合作招生150人。2019年经省教育厅批准，设立智能科学与技术、数据科学与大数据专业，2019年9月两个新专业开始正式招生。至此，计算机科学与技术学院共设置6个本科专业。

2、学科建设

学院始终致力于打造一流学科、一流专业，聚力推进计算机科学与技术专业发展。2004年，计算机科学与技术专业确立为学校重点建设学科和学校首批重点专业，2011年，计算机科学与技术专业获批教育部卓越工程师培养计划试点专业，“计算机应用技术”通过校级重点建设学科验收，“计算机软件与理论”列为校级重点建设学科。2017年，军用计算机应用技术国防特色学科获批国防科技工业局“十三五”第二批立项建设学科，拥有多语信息处理与知识管理、多源遥感信息融合与智能处理两个学科方向。2018年智能科学与技术学科被学校列为十三五校重点学科，学科重点发展自然语言处理与理解和机器感知与模式识别两个方向，为新专业的建设提供了支撑。2018年计算机科学与技术专业通过了中国工程教育中心组织的工程教育专业认证，专家评价良好，是黑龙江省省属院校中唯一通过认证的计算机类专业，在第一批一流本科专业建设之“双万计划”评选中，计算机科学与技术专业获批黑龙江省本科一流建设专业。2021年获批国家级一流专业建设试点。

3、课程建设

加大重点课程创新力度，积极推进课程改革。2006年《计算机网络》《Visual Basic程序设计》《面向对象程序设计》《信息技术》四门课程被列为校级重点建设课程，省级教改立项1项，院教学改革立项7项。2014年以计算思维为导向继续改革计算机基础教学；2015年启动开展慕课课程建设项目。2019年《大学计算机》等四门课程在智慧树东西部联盟或省级联盟平台正式上线运行，选课班级累计超过300个，师生互动和生生互动的次数超2.5万次。《数据库原理》课程被评为省级精品在线开放课程，《大学计算机》《C语言程序设计》被评为省级线上线下混合式一流课程。

4、平台建设

平台建设是推进教学和科研的重要基础。2000年新建计算机组成原理和单片机硬件实验室。2006年购置了计算机近500台以及交换机、服务器等网络实验设备，组成原理实验室、微机原理与接口技术实验室、计算机组装与维护实验室、计算机网络实验室、ERP实验室、多媒体实验室、大型多媒体机房等7个专业实验室及计算机基础实验机房，成立计算机实验中心。2007年新建了学院计算机网络实验室。2011年完成了实验室管理系统与学校三升体育平台系统的对接。2013年新建智能机器人实验室，扩展了科研和实践教学平台建设，为大学生创新实践和我院的科技创新起到了推动作用。2015年与中兴通信校企合作建设了ICT产教融合创新基地。2018年成立智能科学与技术研究所。完善的科研平台，为师生出项目、出成效提供了有力保障，并成为校企合作科研成果转化的基地。

5、教研科研

科研成果的积累和应用转化，是检验和体现教研综合能力的重要标尺。2000年以来，获国家级立项7项，省部级立项26项，厅局级立项46项。我院率先在国家级立项实现学校零的突破，获得多项国家自然基金、国家社科基金及国家社科青年基金项目。二十年来，全院获得教学成果奖、科技进步奖等省部级教学与科研奖励近20项。

6、学生竞赛

积极参加各类赛事，拓展学生发展空间，2006年在首届（2006）ACM/ICPC黑龙江省及东北地区程序设计竞赛中，获得三奖2项，成功参赛奖2项，获奖数在省内同类高校居前列。2008年在中国计算机学会主办SEWM（搜索引擎与互联网挖掘）垃圾邮件过滤评测中包揽了第2阶段全部任务的第一，并获得了第一阶段任务的第二名；在微软公司主办的CEAS（全球电子邮件和反垃圾邮件大会）国际垃圾邮件评测中获得1项第一，4项第二，1项第三。2010年组织学生参加了第七届“挑战杯”中国大学生创业计划大赛，获得铜奖，是三升体育平台：首次在“挑战杯”中国大学生创业计划大赛中获奖，标志着我系在人才的创新精神和实践能力培养上取得了突破。2011年参加省与东北赛区大学生程序设计竞赛，分别获得二、三等奖。参加第七届“博创杯”全国大学生嵌入式设计竞赛并获一等奖。全省第三届计算机应用作品竞赛获一等奖第1名（排名第一）。全国机器人奥林匹克比赛获得二等奖。2014年“黑龙江省首届高校移动应用创新设计大赛”中我院师生共获得一等奖一项，二等奖三项，三等奖六项。2018年黑龙江省智能机器人竞赛工业机器人挑战赛获一等奖一项，第十九届全国机器人锦标赛暨第八届国际仿人机器人奥林匹克大赛获一等奖2项、三等奖2项。东北地区大学生程序设计大赛获优胜奖一项。第十三届博创杯全国大学生嵌入式设计大赛（东北地区），获特等奖1项、一等奖1项、二等奖2项。

7、交流合作

学院始终坚持“走出去，引进来”的发展理念，开展对外交流合作，扩展教研空间，提升教研水平。大力推进校企合作，为学生打造融入社会的实践平台。学院与国际国内跨国公司及其它国内外知名企事业单位30余家签订了校企合作协议，实施思科网络技术学院、甲骨文学院、英特尔软件学院、中兴学院等项目，联合成立了工程实践中心、工程技术研发中心等，与企业开展深度合作，开展“订单式”人才培养；选派多名教师进入企业挂职锻炼与培训；聘请了多名企业技术人员担任客座教授，形成了校企合作良性循环机制。